Si on ignore encore à quoi ressemble le microbiote idéal, on observe toutefois des différences significatives entre la flore des individus en bonne santé et celle des malades. Ainsi, l'apparition de certaines maladies pourrait être liée à un déséquilibre (ou dysbiose) de la flore intestinale, avec une surreprésentation de certaines espèces au détriment d'autres. 

Ce mécanisme semble impliqué aussi bien dans des maladies inflammatoires digestives (colite ulcéreuse, par exemple), cardiovasculaires, métaboliques (obésité), neurodégénératives (maladie de Parkinson, d'Alzheimer), respiratoires (asthme) que dans des troubles psychiques (anxiété, dépression) ou du développement (autisme). 

Des études menées chez les souris ont d'ailleurs montré qu'un stress important (séparation d'avec la mère) au début de la vie entraîne une modification du microbiote intestinal (appauvrissement), conduisant à une plus grande vulnérabilité au stress et à l'anxiété à l'âge adulte…. Venez en discuter avec notre chirurgien digestif